11 av de 20 aminosyrornas kedjor kan delta i vätebindningar:

Ø Sidokedjorna hos tryptofan och arginin kanendast agera som vätebindningsdonatorer.
Ø Sidokedjorna hos aspargin, glutamin, serin och threonin kan agers både som donatorer och acceptorer.
Ø För lysin (och terminala aminogrupper), aspartat- och glutamatsyra (och terminala karboxylgrupper), tyrosin och histidin varierar acceptor- och donatoregenskaperna med pH. Vätebindningsegenskaperna för dessa joniserbara enheter är alltså beroende av pH.